No sólo se construirá el Arsenal, sino también el Cuartel de Artillería, el Cuartel de Presidiarios cuyos prisioneros o galeotes fueron la mano de obra más utilizada para carenar los barcos dentro del arsenal, Capitanía general, el Cuartel de Antiguones, el Hospital Naval, la Escuela de guardiamarinas, así como las fortalezas de Galeras, Atalayas y de los Moros. El amurallamiento de la ciudad jugará un papel crucial para la defensa de la plaza.
Serán los ingenieros militares Sebastián Feringán y Mateo Vodopich los encargados de realizar gran parte de estos edificios.